Mit folgendem Befehl kann man mittels mplayer einzelne Bilder aus Videos extrahieren:

mplayer -frames 10 -ss 60 -vo png outdir=/home/foo/:quality=75 /path/to/video.avi

-vo png definiert das Bildformat (möglich wäre hier z.B. auch “jpeg”)
-outdir=/home/foo/test/ definiert das Verzeichnis in dem das Bild gespeichert werden soll
-frames 10 definiert wieviele Bilder extrahiert werden sollen
-ss 200 definiert das Offset, also die Stelle [...]

Mit MEncoder und folgendem Befehl kann man ein mp4-Video um 90 Grad drehen:

mencoder -vf rotate=1 -ovc lavc -oac pcm input.mp4 -o output.mp4

Als ich letztens flv-Dateien in mov-Dateien umwandeln musste bin ich auf der Suche nach einem passenden Programm auf eine Seite gestoßen, die nicht nur meine exotischen Wünsche erfüllt, sondern wahrscheinlich alle existierenden Formate konvertieren kann.
http://media-convert.com/
Das Angebot ist kostenlos und es ist keine Registrierung notwendig.